COVID-19

[Danny_M]

En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:

• Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
• Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
• Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

[lum]

(...)

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

(...)

Danny, disculpa mi despiste, y gracias por la respuesta tan precisa. El resaltado es mío, porque es algo que ya en su momento me llamó la atención.

Creo que también me despisté de confirmarte que: creo que "coincidí" (virtualmente) con alguno de tus conocidos que comentabas, del repositorio de los protocolos implementados en Python para los Opentrons. Cuántas cosas agridulces se podrían decir, en general ratifico lo que dices.

No tengo a mano los enlaces, pero... En una búsqueda rápida, tras echarle un vistazo creo que éste es el correcto para el kit MagMAX que se usa en unos cuantos sitios: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM1840 (en "Manuales y Protocolos" tienes la guía del susodicho protocolo).

--

Me comentaron una pequeña actualización la semana pasada, de los hospitales en los que estuve. Parece que están siendo más restrictivos todavía respecto los métodos + aparatos empleados para hacer "pooling" de muestras, justamente porque consideran que no todos aportan la suficiente sensibilidad en este momento (no sé si han cambiado los resultados obtenidos, o han variado un poco el criterio con respecto a hace unas semanas). Esto dificulta más todavía ese objetivo que tienen en algunas ciudades y regiones de hacer muchos miles de tests a amplios sectores de la población (y "dificulta" es casi un eufemismo en este caso).

[Lurker]

En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:

• Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
• Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
• Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

Estudio sobre los falsos positivos:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v3.full.pdf+html

"The median and the interquartile range were lower for the full data set (median=2.3%, interquartile range=0.8-4.0%)".

Creo que Danny_M estaba interesado en esta información. Igual ya ha perdido el interés... Por si acaso, aquí lo tiene.

Sds.

Sí, Danny_M tiene razón:

SARS-CoV-2
 Except for validation of a laboratory's first few results, we found no requirement or recommendation
for a second confirmatory test—either on a separate sample or a second aliquot from the initial
sample—in guidance documents from the World Health Organization, the US Centers for Disease
Control and Prevention, the European Centre for Disease Prevention and Control, Public Health
England, the Public Health Agency of Canada, the Pan American Health Organization, or South
Korea's Centers for Disease Control and Prevention; instead these entities require only a single
positive PCR result to confirm infection in either symptomatic or asymptomatic persons.4-10 The
Chinese Centers for Disease Control and Prevention requires clinical manifestations and in most
cases epidemiological exposure in addition to a single positive PCR result to confirm a case.20 Since
May 27 the Norwegian Institute of Public Health has recommended confirmatory tests of positive
results in persons who are both asymptomatic and without a history of exposure.21

 In most regions testing was initially restricted to persons with clinical signs and symptoms and
elevated epidemiological risk, but as tests became more available many authorities called for and
implemented broader use of PCR-based tests, including testing of individuals with no symptoms or
known exposure risk

(MIREN LA DIFERENCIA DE CRITERIO CHINA - OCCIDENTE / nosotros estamos buscando asintomáticos y SOSPECHOSOS como "casos totales", ellos ni siquiera los asintomáticos)

Testing the tests

External quality assessments (EQAs) test the implementation of medical diagnostic assays by
providing participating laboratories with blind panels of positive and negative samples. The
laboratories assay these samples using their normal procedures and report the results to the
EQA manager, who compiles and analyzes the results. Since relevant data from EQAs of
SARS-CoV-2 assays are not yet available, we reviewed the range of false positive rates (FPRs)
in 43 EQAs of PCR assays of RNA viruses conducted in 2004-2019 (see Supplemental
Material-Version 3: Methods). Each EQA enrolled between three and 174 participating
laboratories, which together provided results for 4,113 blind panels containing 10,538 negative
samples, of which 336 (3.2%) were reported as positive (Table 1). We considered two data sets
comprising all 43 EQAs (full data set), and the 35 EQAs that analyzed at least 100 negative
samples (subset). FPRs in each EQA ranged from 0 to 16.7% for the full data set, and 0 to 8.1%
for the subset. The median and the interquartile range were lower for the full data set
(median=2.3%, interquartile range=0.8-4.0%) than for the subset (median=2.5%, interquartile
range=1.2-4.0%) (Supplemental Material-Version 3: Figure S2).

The EQAs did not report any relationship between false positives and the type of assay used.
This is unsurprising since the likely sources of these false positives (contamination, human
error) are more directly connected to laboratory practices and layouts than to which particular
assay is used. Thus there is probably no systematic difference between the FPRs among the
scores of different assays used to detect SARS-CoV-2 and the hundreds of different assays in
the reviewed EQAs.

---

Esto es lo más cercano que he encontrado a algo que trate de medir el porcentaje de falsos positivos. El último párrafo parece indicar que los errores vienen de la operativa de los tests y no de los tests en sí y que es probable que sea aplicable al presente caso. El promedio se sitúa en 2.3% y los autores recogen conservadoramente el 0.8% de falsos positivos.

Sds.

[Lurker]

https://www.nytimes.com/2020/08/31/opinion/cdc-testing-coronavirus.html

It Has Come to This: Ignore the C.D.C.

"The agency’s new guidelines are wrong, so states have to step up on their own to suppress the coronavirus."

D-E-M-E-N-C-I-A-L

Edito:

Hoy en las noticias de A3 ha salido que Cavadas pedía una investigación independiente para esclarecer, según la propia redacción, "por qué la mortalidad es tan alta en España", la noticia ha sido muy sucinta con imágenes de archivo del médico y ni una declaración suya propia. Por supuesto, esto no era para salir en la cabecera, pero ya que lo mencionaban, qué menos que decir lo que ha dicho? Es desesperante.

[CHOSEN]

El planeta sigue esperando a que alguien defina si los asintomaticos transmiten el virus.
Lo mas lógico sería interpretar que esta enfermedad vírica de las vías respiratorias se comporta igual que el resto de enfermedades víricas de las vias respiratorias conocidas, y que la condición de asintomático viene dada por una escasísima carga vírica (ergo no transmisible de forma viable).

Pero como el problema no es de salud, sino político, pues pasa lo que pasa.
Problema POLITICO.
China "4000 muertos", continente COVID-Free, y con la vacuna ya en fase de preproducción.
El gran elefante saltando sobre la porcelana que algunos se empeñan en hacer como que no existe.
Como si sirviera de algo.

[Lurker]

El planeta sigue esperando a que alguien defina si los asintomaticos transmiten el virus.
Lo mas lógico sería interpretar que esta enfermedad vírica de las vías respiratorias se comporta igual que el resto de enfermedades víricas de las vias respiratorias conocidas, y que la condición de asintomático viene dada por una escasísima carga vírica (ergo no transmisible de forma viable).

Pero como el problema no es de salud, sino político, pues pasa lo que pasa.
Problema POLITICO.
China "4000 muertos", continente COVID-Free, y con la vacuna ya en fase de preproducción.
El gran elefante saltando sobre la porcelana que algunos se empeñan en hacer como que no existe.
Como si sirviera de algo.

CHOSEN, lo saben desde el principio:

https://twitter.com/YossiGestetner/status/1298100965409792004?s=09

Este es Fauci diciéndolo.

Desde. El. Principio.

[Lurker]

En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:

• Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
• Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
• Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

Parece que el "problema" es el umbral:

https://www.n-tv.de/wissen/Zu-viele-positiv-Getestete-harmlos-article22006224.html

Traducción de google:

Demasiados dieron positivo inofensivo

"Test, Test, Test" funcionó bien al comienzo de la pandemia de corona en Alemania. Pero ahora se están agotando las capacidades, se desperdicia tiempo y dinero con pruebas que son demasiado caras y lentas, y muchas personas deben ser puestas en cuarentena sin ningún motivo. Es hora de ajustar la estrategia.

Depende de la carga viral

En rara armonía, el virólogo Hendrik Streeck y el experto en salud del SPD Karl Lauterbach compartieron recientemente un artículo en el "New York Times". Se trata del hecho de que una gran cantidad de personas en los EE. UU. Dan positivo a pesar de que probablemente no sean contagiosas en absoluto. Porque con la prueba de PCR estándar hay básicamente solo dos resultados posibles: sí o no. En otras palabras: la prueba realmente solo está ahí para detectar el virus. Un resultado positivo no dice nada sobre si un paciente está, estuvo o estará enfermo. Y tampoco sabes si es contagioso.

Eso no es suficiente, dice el epidemiólogo Michael Mina de Harvard T.H. Escuela Chan de Salud Pública. La cantidad de virus en el cuerpo de un paciente es crucial para saber si es contagioso o no. Es irresponsable que se descuide este hecho. Los expertos alemanes también piden un cambio de estrategia. Christian Drosten, virólogo de Charité, es uno de ellos. "Se necesitan pruebas de infectividad en lugar de infección", escribió en "Die Zeit". Las pruebas de PCR comunes ya proporcionaron la información necesaria sobre la carga viral. "Si nos atreviéramos a derivar un umbral de tolerancia para la carga viral a partir de los datos científicos ahora disponibles, los oficiales médicos podrían liberar inmediatamente a aquellos cuya carga viral ya ha caído por debajo del umbral del período de descomposición. Probablemente sería la gran mayoría", dijo Drosten.

El valor límite para las pruebas de PCR es demasiado alto

La información que importa es el valor Ct. Corresponde al número de ciclos de PCR que son necesarios hasta que se señaliza positivamente el genoma del virus (ARN). Por tanto, un valor más alto habla de una infectividad más baja. Una cantidad correspondiente de virus vivos se deduce de la cantidad de ARN. El Instituto Robert Koch (RKI) ha determinado un valor superior a 30 como criterio por el cual los pacientes pueden salir del aislamiento como una ayuda de orientación para los médicos "en base a la experiencia previa". Esto se justifica por el hecho de que una cantidad correspondiente de virus no es suficiente para multiplicarse en el laboratorio.

El "New York Times" escribe que la mayoría de las pruebas de PCR ya dan un resultado positivo con un valor de Ct por debajo de 40. Esto corresponde a un artículo de la "Pharmazeutische Zeitung" según la práctica común en Alemania. Pero "cualquier prueba con un umbral de ciclo por encima de 35 es demasiado sensible", dijo Juliet Morrison, viróloga de la Universidad de California, al New York Times. Un límite razonable estaría entre 30 y 35. Su colega Michael Mina está a favor del valor Ct recomendado por el RKI.

Efectos dramáticos

Un valor límite más bajo tendría un efecto dramático en el número de infecciones registradas. En julio, 794 pruebas en un laboratorio de Nueva York dieron positivo, de las cuales la mitad se habría perdido si el valor Ct se hubiera reducido a 35, escribe el New York Times. En un umbral de 30, las pruebas solo habrían alcanzado el 30 por ciento. En Massachusetts, ese número habría resultado negativo de 85 a 90 por ciento en lugar de positivo, dice Mina. [Actualización] Sin embargo, esto probablemente no tendría ningún efecto en las estadísticas, ya que los científicos quieren seguir contando todos los resultados positivos.

Sin embargo, un problema con esto es que las personas que se infectaron recientemente también podrían tener concentraciones bajas de virus. Esta objeción se aplica en general a las pruebas de corona, por lo que generalmente es necesaria una segunda prueba para estar seguro en personas asintomáticas. Esto, a su vez, aumenta los costes y el esfuerzo de las ya costosas y lentas pruebas de PCR.

Pruebas rápidas inexactas a la perfección

Por tanto, Mina y otros científicos estadounidenses abogan por el uso de pruebas rápidas. También en Alemania, cada vez más expertos, por ejemplo Karl Lauterbach y el virólogo Alexander Kekulé, están pidiendo esto. Los métodos que ya han sido aprobados en el extranjero o que están a punto de estar disponibles en Alemania incluyen pruebas de antígenos que detectan proteínas del virus en lugar de material genético. Los más simples son tan sencillos como las pruebas de embarazo.

Las pruebas rápidas son menos precisas que las pruebas de PCR, pero esto es incluso una ventaja cuando se realizan pruebas en personas asintomáticas. Porque no funcionan cuando la carga viral es demasiado baja para ser contagiosa. Por lo tanto, las pruebas rápidas son probablemente la herramienta adecuada para usar en pruebas preventivas y pruebas masivas en lugar de desperdiciar PCR. Eso podría no alcanzar a todos los transportistas, dice Michael Mina. Pero las pruebas rápidas seguramente encontrarían a las personas más contagiosas, incluidos los superpropagadores. "Eso por sí solo reduciría las epidemias a prácticamente cero".

[wanderer]

Interesante entrevista:

Nacho de Blas, epidemiólogo veterinario de la Universidad de Zaragoza

«Por lo que sabemos de los coronavirus de animales, va a ser difícil conseguir una vacuna eficaz»

https://www.abc.es/ciencia/abci-sabemos-coronavirus-animales-dificil-conseguir-vacuna-eficaz-202009012215_noticia.html

[CHOSEN]

La vacuna será ineficiente contra el virus, pero desde luego que será muy EFICIENTE para salir del bucle sin salida en el que se ha metido el gobierno español.

En cuanto salga la vacuna aplanaremos la curva y ya no habrá riesgo de que los hospitales públicos tengan que contratar personal.

La dignidad del pueblo (a nivel social) se habrá quedado por el camino, pero... que mas da!!! Haber pisoteado los principios filosóficos que dan sentido a la civilización occidental apenas significa nada 

[Lurker]

https://www.wsj.com/articles/the-failed-experiment-of-covid-lockdowns-11599000890

The Failed Experiment of Covid Lockdowns

"Considering that lockdowns are economically costly and create well-documented long-term public-health consequences beyond Covid, imposing them appears to have been a large policy error. At the beginning, when little was known, officials acted in ways they thought prudent. But now evidence proves that lockdowns were an expensive treatment with serious side effects and no benefit to society."

Ya lo vimos publicado en The Lancet. Recordemos que ninguna de las medidas tuvo un impacto significativo en una reducción de casos severos o mortalidad: https://www.thelancet.com/journals/eclinm/article/PIIS2589-5370(20)30208-X/fulltext

Ahora lo vemos en periódicos del mundo libre. ¿Lo llegaremos a ver en España? Aquí vimos que el presidente dijo que se salvaron 370K personas.¿Se fiscalizará esto?

https://www.bloomberg.com/news/features/2020-08-31/hunger-is-threatening-to-kill-more-people-than-covid-this-year

A Tenth of the World Could Go Hungry While Crops Rot in Fields

Este artículo es imprescindible.

[Mad Men]

El doctor Cavadas, viral por su duro mensaje contra la gestión de la pandemia en España



La visión del doctor Pedro Cavadas, un referente mundial de la cirugía plástica especialmente por las reconstrucciones faciales, no es nada halagüeña con el porvenir de España durante la crisis provocada por la pandemia. Crítico con el "mal manejo de las medidas" para combatir al virus, sus declaraciones en el Diario de León se han hecho virales por la crudeza con la que vaticina que será el futuro, más pesimista con el ámbito económico que con el sanitario.

"La sanidad se paga con dinero y si destruyes el tejido económico, luego no tienes recursos sanitarios para combatir la enfermedad, por lo que en algún momento, hay que priorizar uno de los dos", declaró Cavadas a ese medio.

De ahí que esté entre los expertos que han solicitado una auditoría externa para revisar la gestión del Gobierno de la crisis sanitaria: debe ser dirigida "por técnicos de los de verdad que no tengan ningún peaje político ni económico que pagar ya que eso prostituye completamente los resultados", insiste Cavadas en sus declaraciones. Una opción que este miércoles ha defendido el propio ministro de Sanidad, Salvador Illa, en Antena 3, donde ha asegurado que no solo apoya la iniciativa sino que le parece necesaria.

Para el doctor, "no ha sido el virus sino la respuesta lo que ha provocado un empobrecimiento en España" y tampoco se muestra optimista con que la prometida vacuna. Según considera, cuando esté disponible -posiblemente a finales de año, según Illa- se vacunará a la parte más vulnerable de la población pero pasarán años hasta que se generalice.

Por eso invita a aprender a convivir con el virus y urge a prepararse para ello. "Las partes pobres del mundo se vacunarán mucho más tarde y eso hará que la pandemia siga una evolución asimétrica en todo el mundo", concluye.

https://www.eleconomista.es/nacional/noticias/10747787/09/20/El-doctor-Cavadas-viral-por-su-duro-mensaje-contra-la-gestion-de-la-pandemia-en-Espana.html

[mpt]

con tanto thinktank como hay por el mundo, con tanto espionaje para todo, ¿y nadie esta mirando que coño hacen los chinos para haber frenado en seco la propagacion?

¿Mentir?

pues mentiran, pero lo llevan a raya
https://www.elconfidencial.com/mundo/2020-09-01/iglesias-seul-corea-sur-coronavirus_2731592/
https://www.elperiodico.com/es/internacional/20200902/condenado-carcel-china-cuarentena-8096498
y saben apuntar con el dedo

[sudden and sharp]

Mintiendo... mantengo yo a raya lo que sea. (Mañana voy y vuelvo de Neptuno, verás que éxito. Descomunal, oiga.) 

[mpt]

estos debe ser que mienten para no ser menos que los vecinos

https://www.elconfidencial.com/mundo/2020-09-03/corea-sur-estabilizar-rebrote-200-casos-diarios_2734375/

[Lurker]

https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---21-august-2020

Tedros:

Now, to COVID-19.

Last month my colleague Dr Maria van Kerkhove contacted a group called Long COVID SOS, representing patients with long-term effects from COVID-19 infection.

This afternoon I had the privilege of speaking with them. They told us about their experience, and the ongoing challenges they face. These patients want three things: recognition, rehabilitation and research.

Recognition of their disease, appropriate rehabilitation services, and more research to be done into the long-term effects of this new illness.

Although we have learned so much about this disease, we only have less than 8 months of experience to draw on. We still know relatively little about the long-term effects.

My message to these patients was: we hear you loud and clear, and we are committed to working with countries to ensure you receive the services you need, and to advancing research to serve you better.

===

Globally, there are now more than 22 million reported cases of COVID-19, and 780,000 deaths.

But it’s not just the numbers of cases and deaths that matter. In many countries, the number of patients who need hospitalization and advanced care remains high, putting huge pressure on health systems and affecting the provision of services for other health needs.

Several countries around the world are now experiencing fresh outbreaks after a long period with little or no transmission.

These countries are a cautionary tale for those that are now seeing a downward trend in cases.

Progress does not mean victory.

The fact remains that most people remain susceptible to this virus.

That’s why it’s vital that countries are able to quickly identify and prevent clusters, to prevent community transmission and the possibility of new restrictions.

No country can just ride this out until we have a vaccine.

A vaccine will be a vital tool, and we hope that we will have one as soon as possible.

But there’s no guarantee that we will, and even if we do have a vaccine, it won’t end the pandemic on its own.

We must all learn to control and manage this virus using the tools we have now, and to make the adjustments to our daily lives that are needed to keep ourselves and each other safe.

So-called lockdowns enabled many countries to suppress transmission and take the pressure off their health systems.

But lockdowns are not a long-term solution for any country.

We do not need to choose between lives and livelihoods, or between health and the economy. That’s a false choice.

On the contrary, the pandemic is a reminder that health and the economy are inseparable.

WHO is committed to working with all countries to move into a new stage of opening their economies, societies, schools and businesses safely.

To do that, every single person must be involved. Every single person can make a difference. Every person, family, community and nation must make their own decisions, based on the level of risk where they live.

That means every person and family has a responsibility to know the level of transmission locally, and to understand what they can do to protect themselves and others.

At the same time, we will not – we cannot – go back to the way things were.

Throughout history, outbreaks and pandemics have changed economies and societies. This one will be no different.

In particular, the pandemic has given new impetus to the need to accelerate efforts to respond to climate change.

The pandemic has given us a glimpse of our world as it could be: cleaner skies and rivers.

Building back better means building back greener.

In May, WHO published our “Manifesto for a Healthy and Green Recovery”, with 6 policy prescriptions for protecting nature, investing in water and sanitation, promoting healthy food systems, transitioning to renewable energy, building liveable cities, and stopping subsidies on fossil fuels.

In July we added “actionables” for each of these policy prescriptions, providing 81 concrete steps for policy-makers to build a healthier, fairer, greener world.

Since then, over 40 million health professionals from 90 countries have sent a letter to G20 leaders to call for a Healthy Recovery from COVID-19.

And we have seen many examples of countries acting to protect lives, livelihoods and the planet on which they depend.

Nairobi, Kenya is improving parks, adding urban forests, building more sidewalks and improving drainage.

Pakistan has set up a “green stimulus” scheme, offering labourers who are out of work as a result of lockdown a chance to earn money by planting trees.

In the United Kingdom, the use of coal, the most polluting form of energy, fell to its lowest level in 250 years.

Spain is becoming one of the world's fastest decarbonizing nations, with 7 of the country’s 15 coal-fired power stations recently closed.

Portugal has announced it will become coal-free by next year.

Chile has committed to reducing air pollution and black carbon.

Great cities such as Paris have committed to becoming “15 minute cities”, where every service can be easily reached by foot or bike, reducing air pollution and climate change.

Hardship is always an opportunity to learn, to grow and to change.

COVID-19 is a once-in-a-century health crisis. But it also gives us a once-in-a-century opportunity to shape the world our children will inherit – the word we want.

I thank you.

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No parece que la vacuna vaya a terminar con esto, al menos, no parece que sea la intención. Parece que la intención es otra. Parece que algo de AGENDA se ve por aquí. Conexión cambio climático - Green New Deal - COVID19(84) check. Vamos a seguir observando, pero...

Sds.

Edito para agradecer a PastorMesetario por poner el dedo en las coordenadas.